말라위와 잠비아는 1963년 로디지아 니아살랜드연방(Federation of Rhodesia and Nyasaland)이 해체되고 1964년 동시에 독립을 맞았다. 영국은 잠비아의 구리 자원을 약탈하기 위해 지금의 짐바브웨인 남로디지아, 지금의 잠비아인 북로디지아, 그리고 지금의 말라위인 니아살랜드를 영국령 남부아프리카 식민지로 통합하여 1953년 니아살랜드연방을 만들었다.
아프리카의 다른 나라와 마찬가지로 말라위와 잠비아도 1884년 베를린 회의로 인해 인위적으로 국경이 정해졌는데 이로 인해 두 국가는 국경 문제를 겪고 있다. 국경 문제가 발생한 원인은 민족에 따라 국경을 정하지 않고 서구 유럽 국가들이 식민지를 결정하는 과정에서 임의대로 정한 데 있다.
말라위의 경우 잠비아와 국경 문제를 해결하기 위해 1993년 말라위의 국경을 구체적으로 확인하고, 아프리카연합(AU)의 도움을 받아 2010년까지 국경을 확정하도록 계획하였다. 그러나 기술과 전문 지식이 부족하여 이 계획은 2017년 말까지 연장되었고 현재까지도 국경 문제가 지속되고 있다.
최근 잠비아가 국경과 맞닿아 있는 말라위의 일부 지역(Mchinji, Mzimba, Kasungu 및 Rumphi 지역)을 잠비아 영토라고 주장하면서, 국경 문제가 불거졌다. 말라위의 토지, 주거 및 도시개발부(Lands, Housing and Urban Development) 장관인 진 칼리아니(Jean Kalilani)는 이 지역에 거주하는 말라위인이 잠비아로 국적을 바꾸지 말아야 한다고 주장했다. 그리고 말라위와 잠비아는 새로운 국경에 관한 협정이 발효될 때까지 주민들이 주거나 국적을 바꾸지 말고 살아야 한다는 데 동의했다.
한편 국경선이 재조정되면서 국경 지역의 주민들 간 갈등이 발생하고 있다. 말라위의 초등학교였던 지역이 잠비아로 새롭게 편입되자, 잠비아인이 이 초등학교를 파괴하였으며, 이 지역에 살고 있던 말라위인은 두려움 속에 살고 있다고 보도되었다. 또한 말라위인이 잠비아 당국에서 설치한 교통 표지판을 훼손하는 일이 발생하였다.
이외에도 말라위는 말라위 호수를 두고 1967년부터 탄자니아와 갈등 상태에 있다. 아프리카연합은 아프리카에서 발생하고 있는 국경 문제를 해결하기 위해 2007년 아프리카연합 국경프로그램(African Union Border Programme: AUBP)을 운영하고 있으며, 정확하게 국경을 확인하고 주택, 농장, 학교 및 도로와 같은 개발 프로그램을 마련하도록 하고 있다.
그러나 국경 문제는 쉽게 해결할 수 있는 것이 아니다. 해당 국가의 정부가 평화적으로 국경 문제를 해결하려는 노력을 한다고 하더라도, 실제로 살고 있는 주민들은 갈등을 일으킬 수 있기 때문에 신중한 접근이 필요하다.